乐企申请准入流程环节较多，企业需要深入研究接入指引，并实施对接研发措施。若操作不熟悉或在测试过程中遇到错误无法及时解决，会影响项目整体进度。

乐企局端每月都有新版本，企业需长期投入产研人员应对局端升级，局端政策性大调整企业自行响应周期慢，会带来停票风险。

数电发票试点期间数电+税控双轨运行，数电发票与税控发票共享发票额度，需要企业对所有开票场景的信息情况进行全面监控和管理，如何保障乐企接入后双轨稳定运行并实现单轨平滑过渡，是乐企接入建设的一个重点。

目前乐企平台衔接其他企业系统改造成本较高，如果企业的业务信息与发票信息不能进行直接关联，会造成系统层面的信息脱节，满足不了企业较为复杂的财务管理需求。